Der Zeitungsartikel war ein Stich ins Wespennest. Das College Committee trat zusammen, und - da man diese Angelegenheit gern in aller Stille aus der Welt geschafft hätte - wurde der Wunsch geäussert, dass Robertson Smith sich entschuldige und eine Richtigstellung schreibe. Dies verweigerte er jedoch und forderte stattdessen ein Jahr später im Mai 1877 – die Mühlen des Presbyteriums mahlten langsam – zur Klärung der Vorwürfe eine förmliche Anklage der Free Church (im Kirchengesetz „libel“) wegen Häresie, um sich angemessen verteidigen zu können. Das hatte zur Folge, dass man ihn vorläufig von seinem Lehramt beurlaubte. Die Hitzköpfe auf der fundamentalistischen Gegenseite waren unter anderen Dr. Begg, ein Mann von unbeugsamer presbyterianischer Orthodoxie, und der Anführer der sogenannten Highland Horde, Sir Henry Moncreiff, ein bedeutender Free Church Experte für Kirchenrecht. Diesem war es ein Anliegen, die Fahne der Rechtgläubigen aufrecht zu halten. Der Prinzipal des Edinburgher Free Church College, Robert Rainy, schlug sich zwar lange keiner Seite eindeutig zu, sollte jedoch später Robertson Smith die erwartete Unterstützung versagen.